（一）办公室（党建科）。负责单位后勤保障和日常运转工作；负责单位组织人事工作；承担职称岗位和劳资管理工作；承担财务、信息安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作；负责单位党的建设、纪检和党风廉政建设工作；负责单位精神文明创建工作。
（二）安全保卫科。负责文物和作业安全工作；负责院区安全管理工作；承担文物库房和临时外展文物的安全保卫工作；负责文物工地日常巡查和出土文物的临时安全管理工作；承担职工安全教育和安全培训等工作。
（三）史前研究室。负责史前时期相关古文化遗存考古调查、发掘和研究工作。
（四）商周研究室。负责夏商周各时期相关古文化遗存考古调查、发掘和研究工作。
（五）汉魏研究室。负责汉魏时期相关古文化遗存考古调查、发掘和研究工作。

（六）隋唐研究室。负责隋唐及以后各时期相关古文化遗存考古调查、发掘和研究工作。
（七）文物勘探中心。负责考古调查勘探工作；承担考古调查勘探技术规范、质量标准的研究和制定工作；负责考古勘探技术人员的培训和考核工作。
（八）文物保管中心。负责文物库房的管理；负责库藏文物和考古标本的保护、管理和利用工作；承担出土文物和考古标本的登记、移交入库、建档及信息化建设工作；负责文物陈列展览工作；承担不可移动文物保护工程工作。
（九）文物修复中心。负责出土文物、考古标本保护修复工作；承担相关文物保护单位的申报和"四有"工作。
（十）文物交流中心。负责社会文物管理工作；负责文物流通管理和文物鉴定工作。
（十一）公众考古中心。负责向公众分享考古成果、普及考古知识，开展公众考古系列活动；负责洛阳考古博物馆运营管理；负责单位官网、公众号平台等网络媒体的信息采集、整理与发布等工作。